Suomen Akatemia
Rahoituspäätös
 
Hakija / Yhteyshenkilö Salmela, Leena
Organisaatio Helsingin yliopisto
Tutkimusaihe Täydellisten ja tarkkojen biologisten sekvenssien rekonstruointi
Päätös 308030
Päätöspvm 11.05.2017
Rahoituskausi 01.09.2017 - 31.08.2022
Rahoitus (€) 434 485
WebFOCUS Report
Hankkeen julkinen kuvaus
DNA-sekvenointimenetelmien nopea kehitys aiheuttaa jatkuvan tarpeen uusien ja tehokkaampien menetelmien kehittämiseen tuotetun valtavan sekvenssidatan analysoimiseksi. Biologiset sekvenssit ovat miljardeja nukleotideja pitkiä, mutta vain lyryitä paloja voidaan sekvenoida kerrallaan. Näin ollen alkuperäinen sekvenssi pitää rakentaa näistä paloista. Kehitämme algoritmeja ja työkaluja biologisten sekvenssien tarkkaan ja täydelliseen rekonstruktioon, mikä on oleellista molekyylibiologian tutkimukselle. Genomien rekonstruktioon kehitämme menetelmiä, jotka parantavat nykyisiä fragmentoituneita genomeja kromosomit kattaviksi genomeiksi geneettisten karttojen ja optisten karttojen avulla. Lisäksi kehitämme algoritmeja haplotyyppien rekonstruktioon. Yhdistämällä suuria joukkoja lyhyitä sekvenssejä ja pieniä joukkoja kalliimpia pitkiä sekvenssejä kehitämme kustannustehokkaita menetelmiä tuottaa tarkkoja haplotyyppejä.